北京安必奇生物科技有限公司的抗體測序平臺,采用DASS(Database Assisted Shotgun Sequencing)技術,結合現有技術的優勢,可對抗體進行分析。它是基于質譜技術打造的抗體測序平臺。除了能夠對抗體序列在10個工作日內完成例行測序外,這項技術還適用于其它亞型和不同形式的抗體,如:IgM,熒光偶聯抗體,固定化抗體,不同物種的抗體等。
北京安必奇生物科技有限公司作為抗體定制服務供應商,專注于單克隆抗體的生產和工程領域。利用多種抗體文庫技術(包括噬菌體展示、細菌展示和酵母展示)以及雜交瘤技術,實現對人、猴、兔、羊、雞、狗、駱駝、羊駝、牛、小鼠、大鼠、豚鼠及鯊魚的單克隆抗體生產。此外,在抗體大規模制備服務方面,能制備利用細菌生產的單鏈抗體、雙功能抗體、串聯scFv、miniantibody和Fab,以及哺乳動物細胞表達minibody、嵌合抗體和IgG。
一、平臺特點
北京安必奇生物科技有限公司采用DASS(Database Assisted Shotgun Sequencing ) 技術,通過使用質譜儀和數據處理算法,生成大量序列信息,進而運用計算程序對MS/MS光譜從頭測序,利用其內部數據挖掘工具使得我們從MS/MS光譜數據中提取目標抗體序列信息。

運用DASS技術對V、J、C片段測序
目前世界上的一些數據庫(如NCBI)雖然包含抗體V、J、C片段序列,但是在抗體成熟的過程中,一個B細胞中的抗體基因要經歷體細胞突變的過程才會產生高親和力的成熟抗體。我司的計算方法容錯率高,并能匹配相應物種的突變肽段。使得肽段都會被檢測到,而且每一個氨基酸位點都會生成20-27條MS/MS光譜,因此,對于難測序的高脯氨酸(proline)和精氨酸(arginine)肽段也可實現測量,而且不需要再進行額外的Edman測序來輔助測序。
CDR3區測序
抗體輕鏈的 CDR3 區多由胚系基因編碼,而重鏈的 CDR3 區則由 D 基因編碼。D基因大部分區域由于受到核酸酶及末端轉移酶等重組酶的作用而發生基因重排,導致抗體重鏈 CDR 區在數據庫中無法進行同源比對。一般來說,一個成熟的抗體只有 1-4 個氨基酸是由 D 基因編碼的,而其他序列都是基因重組排的結果,而只能對其進行 de novo 測序。
通過多種酶切來產生多種互相重疊的肽段,以測得較長的未知氨基酸序列。高質量的質譜數據域高效率的數據挖掘算法的結合,使我們對抗體CDR3 區域的解讀更為有力,最終可以測得數據庫中無同源序列的,20kDa的蛋白。
等重氨基酸測序
與其他基于MS測序方法不同的是,此技術平臺可以分辨大多數等重氨基酸復合物。
如:W 可從GE、AD、SV中區別出來(MS);
R 可從GV中區別出來(MS);
Q 可從GA、K中區別出來(Fragment spectra 和 MS);
N 可從GG中區別出來。
二、平臺優勢
全序列覆蓋:
傳統的抗體測序技術難以做到全序列覆蓋,傳統的技術幾乎都得借助部分數據庫中的信息。即,實測一部分,預測一部分。而DASS平臺可以達成全序列覆蓋,對于抗體的可變區更是每個位點至少覆蓋4次。
適用于超變區的數據處理算法
DASS采用質譜軟件PEAKS Mass Spectrometry Software,與2008年Nature雜志發表的de novo單抗鳥槍法測序(Bandeira et al, 2008)中所用的算法相比,DASS能夠對抗體的超變區進行鑒定。
區分分子量接近的氨基酸
我們采用Orbitrap Elite測序儀,其可以突破傳統測序技術帶來的分辨率低的限制,可以同時匹配3800個肽段。傳統技術很難區分分子量接近的氨基酸(如谷氨酰胺和賴氨酸分子量差異僅為0.03D),而DASS則可以克服這些由傳統技術帶來的短板。DASS已經超過MALDI-TOF時間飛行質譜的精度,正成為從事抗體研究和抗體藥物研發的科學家們的新寵。
可對熒光標記單抗、IgMs、及其他非傳統抗體進行測序
DASS通常不受小基團(如FITC、Biotin、Alexa)的影響,雖然較大的蛋白基團會給測序帶來難度,但若提供較高濃度的蛋白仍可成功測序,因為測序質量與提供的樣本量相關。
對IgM的測序方法與 IgG 類似,只是需要的樣本量更多。
DASS適用于小鼠源和兔源抗體,此外目前已經有大于50個來源于倉鼠和羊的抗體也被成功測序。
化學或者生物偶聯的抗體也可被成功測序,只是需要的樣品量更大。
許多雜交瘤細胞產生2條輕鏈,其中一條為無義鏈,也可對這些抗體混合物進行測序。
三、服務優勢
可定制抗體片段測序
我們可根據客戶需求,可選擇只測定抗體的輕鏈、重鏈或者可變區。另外,偶聯的抗體和IgM等少見抗體亞型的測序也都可定制。
時間花費低
技術革新帶來的是時間成本的降低,DASS平臺的時間花費是傳統測序方法的一半以下,在收到樣品后,3-10個工作日內即可完成全序列測定。
樣品量要求低
僅需要提供25-100μg純化的抗體。
測序種類多樣
可對熒光標記單抗、IgMs、及其他非傳統抗體進行測序。
四、服務保障
覆蓋 VJC 和 VDJC 區域。
每個氨基酸位點至少覆蓋4個不同的肽段。
對輕鏈的測序誤差范圍在+/- 1.2 Da,對重鏈的誤差范圍在+/- 1.8 Da。
五、樣品要求
普通 IgG 和偶聯修飾基團(FITC,Alexa,Biotin)的 IgG:需要 25-100 μg 樣品,如能提供 200 μg樣品效果會更佳。
含有 BSA 的單抗,羊源或者兔源,IgM,固定化的單抗,以及偶聯大修飾基團(PE,APC)的單抗:需要經過特殊樣本處理,一般 500 μg 樣品可滿足測序。
免疫球蛋白A(IgA)抗體測序服務
免疫球蛋白E(IgE)抗體測序服務
免疫球蛋白M(IgM)抗體測序服務
免疫球蛋白G(IgG)抗體測序服務
新型納米抗體測序服務
偶聯抗體測序服務
人或人源化抗體測序服務
仿制藥抗體測序服務
鼠抗體測序服務
羊抗體測序服務
兔抗體測序服務
雞抗體測序服務




