目前，16S/18S/ITS rRNA是微生物分類鑒定和系統(tǒng)發(fā)育的指標(biāo)。原核微生物的16S rRNA基因長度約為1500 bp，包含10個保守區(qū)和9個高變區(qū)（V1-V9），同時具有高度的保守性和特異性，保守區(qū)可反映菌屬間的親緣關(guān)系，可變區(qū)體現(xiàn)菌屬之間的差異。真核微生物18S rRNA基因長度約為1500~2000 bp，序列中也既有保守區(qū)和可變區(qū)，由于進(jìn)化速率比較保守，適用于種級以上的分類鑒定。真核微生物ITS長度約為500 bp，在種內(nèi)不同菌株之間高度保守，而在菌種間存在較大的變化，表現(xiàn)出較大的序列多態(tài)性，被廣泛應(yīng)用于生物種間系統(tǒng)發(fā)育和研究。
既往的16S/18S/ITS rRNA擴(kuò)增子測序針對其序列的單個或連續(xù)的兩個或三個可變區(qū)設(shè)計引物擴(kuò)增再測序分析；而現(xiàn)在基于三代PacBio SMRT測序平臺，我們使用27F/1492R的引物，平均讀長10~18 K，可輕松覆蓋16S/18S/ITS rRNA全長序列，突破二代測序讀長短的局限性，實(shí)現(xiàn)到“種”的分類鑒定，可在多個領(lǐng)域應(yīng)用如物種進(jìn)化、物種豐度、環(huán)境與生態(tài)、醫(yī)學(xué)領(lǐng)域等，研究表皮微生物的關(guān)系、人體腸道微生物與疾病。
我們的優(yōu)勢
成熟的測序平臺：PacBio SMRT系統(tǒng)
高質(zhì)量的數(shù)據(jù)保障
高準(zhǔn)確的鑒定，可提供多種CCS reads數(shù)目的選擇
豐富的項目經(jīng)驗(yàn)
分析內(nèi)容多樣
周期短，有競爭力的價格優(yōu)勢
技術(shù)流程
數(shù)據(jù)分析
我們使用Circular Consensus Sequencing（CCS）的算法來矯正測序產(chǎn)生的錯誤，提高測序的準(zhǔn)確性。通過去除barcode以及長度小于150 bp以及模棱兩可的序列，通過99%的相似性產(chǎn)生OTU和比對數(shù)據(jù)庫最后進(jìn)行分類。
樣本要求
| 樣本類型 | 總量 | 濃度 | OD260/OD280 |
| 基因組DNA | ≥200 ng | ≥10 ng/μl | ≥ 1.8 |
| PCR產(chǎn)物 | 電泳條帶單一，大小在1~2 Kb |
技術(shù)參數(shù)
| 測序平臺 | 文庫類型 | 數(shù)據(jù)量 | 運(yùn)轉(zhuǎn)周期 |
| PacBio SMRT | 2 K | 每個樣本約3000~40000個CCS reads | 視具體項目情況而定 |